我国的人才流失，首先是带走了我国珍贵的、附加在人才身上的知识和技能，对我国科技进步产生了一定程度的负面效应。据美国全国科学理事会统计，2006年美国大约有35%的科学与工程博士来自外国出生者，而这些外国出生者有22%来自中国大陆，4%来自中国台湾，排在第2名的印度只有14%。以最为顶尖的诺贝尔奖获得者为例，截至2010年，有11名日本血统的人先后获得自然科学领域的诺贝尔奖，大部分是日本自己培养的；而中国先后有8名华裔获得自然科学领域的诺贝尔奖，但全部都是在海外拿到的诺奖。
第二，大量携带资金的人才也纷纷流失海外，带走了大量的资本。仅2009年就有3000人投资移民到美国和加拿大，他们投资的总额超过80亿元人民币。在人民币应用较广的地区，2009年移民转移出去的资金就高达100亿元人民币。2011年，据各国的移民署和出入境管理局数据显示，我国近一万人通过投资移民移居海外，按照最保守的每人投资额50万美元计算，一年投资移民资金流出50亿美元。最近三年则有150亿美元流失海外。这还不包括购房、子女上学和生活旅行等费用，如果都加起来，可能还有很多，这是十分惊人的。海外投资移民使国内资金大规模流出，在一定程度上影响了国内实体经济的发展。进入新世纪，中国的很多企业转型开始进军虚拟经济市场，实体经济的发展大大萎缩。而且实体经济的很多企业由于规模小，资金实力有限，真正可以做到行业或产品创新的很少，同时可以帮助实现创新的、拥有核心技术的企业主又迁往海外，对国内企业自主创新能力的提升将造成损害。不仅是在资金投入上，而且在人才和技术投入上都对实体经济造成了影响。
第三，大批人才流失海外，对我国逐渐老龄化的社会将形成一定威胁，不利于我国实现战略转型。目前中国60岁及以上老年人口已达1.85亿，占总人口比例达13.7%。以此来看，中国已进入老龄化社会。中国的老龄化是一个规模大且发展迅速的过程，比其他国家都快。根据第六次人口普查的数据，人口抚养比开始提高了。这是一个根本性的转折，意味着人口红利已经消失。巨大的老龄人口数量和比重将成为中国社会最大的问题来源和风险所在，而年轻人才的流失，对我国经济从人口红利到人才红利的转变也提出了巨大的挑战。
